就在崇禎皇帝御审吴昌时二人的当天傍晚，外界便已得知吴昌时和董廷献遭受了严厉的酷刑折磨，且在当天夜里他们二人就死在了镇抚司狱中。
可当人们纷纷猜测周延儒在劫难逃之际，崇禎皇帝却忽然大发慈悲，他一改往日刻薄寡恩的做派，並没有过於深究周延儒的问题……
六月二十五日，大明內阁首辅周延儒上书请辞中极殿大学士衔及內阁首辅之职，未获圣准。
六月二十六日，周延儒又再次上书请辞少师职衔，得到了崇禎皇帝的允准。
六月二十六日当晚，崇禎皇帝下旨令內阁並六部、都察院、大理寺等对周延儒“怀私植党，误国覆邦”等罪状，从公察议。
都察院左都御史李邦华对周延儒二次復出后的政绩予以肯定，他虽然指责周延儒不能“永矢精白”，按罪定议，罪应下失误封疆一等。
但李邦华也坚持皇上有“曾居首辅，宽其拿解”的明旨，因此他希望能对周延儒从宽处理。
而大理寺卿凌义渠则毫不顾及周延儒復出后的政绩，他大肆揭露其为政为人奸邪品格，认为大明律虽有“议贵”之条，然也不能成为宽恕周延儒的託词。
不过，刑部尚书张忻则倾向於都御史李邦华的意见，最终三法司的结论是擬將內阁首辅周延儒判定终身充军。
不过，三法司的结论通过內阁报到宫里的时候，却又被崇禎皇帝自己给推翻了……
崇禎皇帝感念周延儒二次復出內阁首辅以来，殫精竭虑，操劳国事，未有大错，今虽有种种不妥，然多为其下属所为，其多不知情。
因此，在周延儒上书言说自己正席蒿待罪，自请戍边时，崇禎皇帝却下了一道语气极其温和的圣旨，说周延儒“佐政多年，朕不能尽其谋猷，皆朕之过也”，委过自身而为其开脱。
最终，周延儒於六月二十九日，以一种十分体面的方式致仕回乡了。
…………
周延儒虽然被罢官致仕，可內阁首辅乃百官之长，不可久空。
然时间紧急，崇禎皇帝也没有更为合適的人选，不得已之下也只能下旨“著次辅陈演，暂代首辅之责”。
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內阁首辅虽然换了人，可中原的流寇还在，开封之危並没有完全解除，这督师剿贼的人选仍旧是当务之急。
原本，周延儒在致仕之前，曾经向崇禎皇帝建言除了侯恂之外，也可考虑以永寧伯张诚出任中原剿贼督师一