存在不少的问题。
首先是资金和资源的浪费，由于三线建设的决策过程缺乏科学论证，导致一些项目选址不当，造成了资金和资源的浪费。例如，一些企业建在偏远地区，交通不便，导致运营成本高昂。
其次是环境破坏，大规模的建设活动对当地环境造成了严重破坏，许多企业建在生态环境敏感区域，导致水土流失和环境污染问题。
而且建设的时候很是仓促，缺乏科学的研究和论证，也没有考虑后续的管理和维护，造成的浪费和破坏都比较严重。
到了1980年代，三线建设结束了，国家对三线建设进行调整改造，针对选址有严重问题，所在地自然灾害频发、生活条件恶劣，危及生产和职工生命安全；或者选址布局过于分散，远离原料产地和配套加工地，造成极大不便，生产科研无法继续进行下去的企业关、停、并、转、迁，向原料产地方向、产品市场、有利于发挥本身技术优势和加工协作的大中城市附近搬迁。经过几个五年计划的调改，直到“十一五”，共调改400多家，多数是搬迁，只有几十家是原地调整。
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